Стефанов е обвинен от прокуратурата за това, че в периода 2011 – 2013 г., в качеството си на длъжностно лице - изпълнителен директор на Сдружение „Агенция за регионално развитие и бизнес-център – Видин“ е присвоил чужди парични средства на МРРБ и средства от фондове на Европейския съюз, отпуснати за финансиране на трансгранични проекти между България и Румъния и между България и Сърбия.
Според обвинението, той е съставял неистински официални документи, за да удостовери възникналото право на плащане.

Емилова е с обвинение в съучастие за това, че е улеснила действията на Евтим Стефанов, като е използвала неистинските официални документи.