Струпешкият манастир е основан през Второто българско царство, като е бил известен и с името Тържишки, тъй като някога в околността му е имало пазар /тържище/. В един манастирски тефтер се споменава, че по време на османското нашествие обителта е разрушена. Никакви сведения няма за функционирането на манастира от разрушаването му чак дo началото на 19 в. Най-старата сграда, съхранена днес в манастира, е съборната му църква, построена през 16 в.
През 1824 г. започва възстановяването на Струпешкият манастир по инициатива на Димитраки Хаджи Тошев, който оглавявал борбата за църковна независимост във Врачанския край. След насилствената смърт на ктитора манастирът за кратко запустял.
Между 1851 и 1857 г. били построени жилищните сгради в Струпешкият манастир от майстор Витьо от с. Брусен със съдействието на черепишкия монах Йосиф. Тогава била осветена голямата триетажна жилищна сграда с параклиса "Св. пророк Илия" на втория й етаж. При пожар през 1972 г. тя частично е унищожена, но скоро след това е възстановена. През 1862г. в манастира е построена голяма красива каменна чешма с четири чучура.
В Струпешкия манастир е живял и работил книжовника Дамаскин Хилендарец, а по време на създаването на революционната организация, тук са пребивавали Васил Левски и Никола Обретенов /син на баба Тонка/. Те организирали революционен комитет в село Струпец, в който е взел участие и тогавашният игумен на манастира йеромонах Панталеймон.
Струпешкият манастир е горял 3 пъти, като през 1972 година са изгорели 2/3 от него.
Днес Струпешкият манастир е постоянно действащ и представлява комплекс от внушителна триетажна жилищна сграда, две църкви, красивата чешма и стопански постройки.